پس از اینکه دادستان کل کشور بانک ملی را نیز از معاونین اختلاس بزرگ معرفی کرد و حتی تصریح شد که عامل پرونده فساد مالی اخیر در صورت اثبات فساد فی ‌الارض اعدام خواهد شد، این محمود خاوری مدیر عامل بانک ملی بود که در نامه ای به شمس الدین حسینی ضمن استعفا از رهبر معظم انقلاب حرت امام خامنه ای و مردم شریف ایران به ‌دلیل تخلفات رخ داده در مجموعه تحت مدیریت خود (شعبه کیش) در جریان پرونده فساد بزرگ مالی صرفا عذرخواهی کرد.بنابر گزارشها مدیرعامل مستعفی بانک ملی پس از پیگیری های دستگاه قضایی و مشخص شدن دستورات موکد وی برای اعطای خط 16 هزار میلیارد ریالی به متهم اول پرونده فساد کلان بانکی و نیز دستورات مستقیم او برای تنزیل اسناد موسس بانک آریا، به صورت شبانه به انگلیس سفر کرد.
وی پس از اقامت 3 روزه در لندن و ملاقات هایی که خبری از محتوای آن فعلا در دست نیست، به فرانکفورت آلمان رفته و با استفاده از پاسپورت کانادایی خود و خرید بلیت فرست کلاس شرکت هواپیمایی لوفت هانزا، به تورنتو سفر کرد.
محمود رضا خاوری مدیرعامل سابق بانک ملی ایران که قرار بود ساعت 2 و 40 دقیقه بامداد امروز جمعه با پرواز برتیش ایرویز بزرگترین شرکت هواپیمایی انگلیس به تهران بازگردد و حتی برخی مسئولان این بانک نیز برای استقبال به فرودگاه امام خمینی (ره) رفتند، به کشور بازنگشته است تا شائبه صحت اتهامات علیه وی قوی تر گردد.
حجت الاسلام محسنی اژه ای، دادستان کل کشور در حاشیه جلسه شورای اداری استان زنجان در جمع خبرنگاران در مورد اخبار منتشر شده مبنی بر خروج مدیرعامل بانک ملی از کشور گفت: این خبر صحت دارد دو نامه از دفتر ایشان به ما ارسال شده است که در نامه اول خاوری عنوان کرده است که استعفا داده و در نامه دوم وی مدعی شده به ایران باز می گردد و استعفا نداده است و به زودی با همکارانش ملاقات می کند. 
دادستان کل کشور در پاسخ به اینکه اگر آقای خاوری بازنگردد چه اقدامی انجام می دهید گفت: قاضی پرونده مدیرعامل بانک ملی را ممنوع الخروج نکرده بود ولی اگر بازنگردد همه وصله ها و اتهامات به او چسبانده می شود و این به نفعش نیست.
پس از این استعفا بود که برخی نمایندگان مجلس شورای اسلامی به تعریف و تمجید از خاوری پرداخته و وی را مدیری شجاع و لایق توصیف کردند!
علی مطهری معتقد است که استعفای خاوری باعث دید مثبت مردم شد.
علی مطهری این عمل خاوری را مثبت ارزیابی کرده و گفت: اگر هر مدیری شجاعت عذرخواهی را داشته باشد به طور قطع التیامی بر زخمهای مردم خواهد بود.
 این نماینده مجلس در ادامه مدعی شد: با توجه به اینکه زیر مجموعه بانک ملی دچار خطا و اشتباه شده بودند ولی کار دکتر خاوری باعث شد که دیگر مدیران ارشد و نیز نمایندگان مجلس در این رابطه دید مثبتی داشته باشند.
  حمیدرضا فولادگر هم در خصوص این استعفا معتقد است پیش قدم شدن دکتر خاوری در امر استعفاء قابل تحسین است.
 حمیدرضا فولادگر نماینده اصفهان پیرامون استعفای دکتر خاوری اظهار داشت: پیش قدم شدن دکتر خاوری در امر استعفاء، اقدامی شایسته از سوی ایشان می باشد. 
وی افزود:  دکتر خاوری در امر اختلاس نقش نداشتند، اما آنچه که حائز اهمیت است درس گرفتن دیگر مسئولین از  استعفای ایشان می باشد.
 همچنین نماینده دیگر مجلس ضمن ابراز تاسف از استعفای این مدیر متهم به معاونت در اختلاس بزرگ افزود: ما از استعفای خاوری بسیار ناراحت شدیم.
عبدالرضا ترابی عضو کمیسیون اقتصادی با تاکید بر اینکه اختلاس 3 هزار میلیاردی از بانک صادرات بوده، گفت: البته این نکته حائز اهمیت است که خاوری هیچ تخلفی در امر اختلاس نداشته و با بررسی های بعمل آمده از بانک ملی، دکتر خاوری در حضور وزیر و رئیس کل بانک مرکزی و کمیسیون اقتصادی با ارائه مدارک و توضیحات کافی همه را متقاعد کردند.
 نماینده گرمسار افزود: دکتر خاوری از مدیران خوب و تایید شده ای بودند که بسیار پاکدست  بوده و این موضوع به خوبی بر همگان روشن می باشد.
 وی در خاتمه خاطر نشان کرد: البته ناگفته نماند که اکثر نمایندگان از استعفای خاوری متاسف شدند!
حال با توجه به اظهارات صریح دادستان کل کشور درباره معاونت بانک ملی در اختلاس بزرگ و تهدید ایشان پیرامون عدم بازگشت احتمالی خاوری، جای سئوال دارد که این آقایان نماینده چگونه با چنین قاطعیتی از یک فرد متهم دفاع می کنند و وی را مدیری لایق و شجاع معرفی می نمایند!